ميرفندرسکي پس از تکميل پايه هاي علمي به تدريس و تربيت شاگردان پرداخت. وي در فلسفه، حکمت و رياضيات تدريس مي کرد و شاگردان بزرگي را تربيت کرد که هر کدام خود، در حوزه فلسفه و حکمت و عرفان و کلام درخشيدند. در اين که صدرالمتألهين شيرازي نيز شاگرد ميرفندرسکي بوده يا نه، برخي از شرح حال نويسان چنين نقل کرده اند: «ملا صدرا پس از ورود به اصفهان، نزد ميرداماد رفت و راجع به تحصيل با او مشورت کرد..ن قل شده که او استاد ملاصدرا بوده است.

از او آثاري چون: صناعيه(به زبان فارسي) مقوله الحرکت و التحقيق فيها ( به زبان عربي)، تاريخ الصفويه، شرح کتاب الطهاره، چند منظومه مانند: سامي، غزوات حيدري، و چند قصيده حکيمانه با لحني اشراقي و عرفاني بر جا مانده است.از مهمترين آثار او مي توان به انساب النواصب اشاره کرد.مقبره او هم اکنون در تخت فولاد اصفهان قرار دارد.